Das Besondere der Thompson-Studienbibel ist ihr einzigartiges Konzept: Keine Erläuterungen eines Herausgebers, sondern die thematisch zusammengehörenden Bibelstellen werden durch ein Nummern-Verweissystem miteinander verbunden. Der Leser wird – wie an einem roten Faden – themenweise durch die Heilige Schrift geführt.